1- رشته کارشناسی مهندسی تولید و ژنتیک گیاه
یکی از شاخه‌های مجموعه مهندسی کشاورزی است که بر پایه «به‌کارگیری اصول علوم زراعی و ژنتیک در تولید محصولات غذایی» استوار است. تمرکز این رشته بر حفظ منابع طبیعی و محیط زیست و بهره‌برداری مطلوب از نهاده‌های کشاورزی است. رشته مهندسی تولید و ژنتیک گیاه، سرشار از درس‌های حفظی و محاسباتی است که بیشتر آنها با زیست گیاهی و اصول زراعت مرتبط هستند. دانش‌آموختگان این رشته، به عنوان کارشناس، در عرصه‌های تولید زراعی و محیط‌های تولید محصولات کشاورزی و گلخانه‌ای، فعالیت می‌کنند. رشته مهندسی تولید و ژنتیک گیاه، در حال حاضر، در مقطع کارشناسی پیوسته شبانه در دانشگاه گنبد کاووس، دانشجو می‌پذیرد. در دوران چهار ساله مقطع کارشناسی، در مجموع، حدود 138 واحد درسی ارائه می‌شود.
2- رشته کارشناسی ارشد کشاورزی اکولوژیک
گرایش اگرواکولوژی یا کشاورزی اکولوژیک شاخه ای از علوم کشاورزی می باشد که با داشتن دانش اکولوژی و زراعت در راه استفاده از حداقل مواد شیمیایی، به حفظ سلامت گیاهان و تولید محصول سالم می پردازد که در نهایت باعث حفظ محیط زیست می شود. هدف از برگزاری این دوره تربیت متخصصینی است که علاوه بر تدریس و تحقیق قادر باشند در برنامه‌ریزی‌های منطقه‌ای با اهداف تولید پایدار محصولات زراعی دخالت، شرکت و نظارت مستقیم داشته باشند. رشته کشاورزی اکولوژیک، در حال حاضر، در مقطع کارشناسی ارشد در دانشگاه گنبد کاووس، دانشجو می‌پذیرد. در دوران دو ساله مقطع کارشناسی ارشد، در مجموع، حدود 32 واحد درسی ارائه می‌شود که شامل دروس تخصصی (12 واحد)، دروس اختیاری (14 واحد) و پایان‌نامه (6 واحد) است.
3- رشته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی
رشته بیوتکنولوژی کشاورزی، حاوی مجموعه‌ای از علوم و تکنولوژی در زمینه‌های ژنتیک ملکولی، کشت بافت، میکروبیولوژی، بیوشیمی، اصلاح نباتات و مهندسی ژنتیک است. هدف از برگزاری این دوره تربیت متخصصانی است که با یادگیری علوم تکنیک‌های لازم بتوانند به امور مربوط به تحقیق، تدریس و کارآفرینی در زمینه بیوتکنولوژی کشاورزی بپردازند. رشته بیوتکنولوژی کشاورزی، در حال حاضر، در مقطع کارشناسی ارشد در دانشگاه گنبد کاووس، دانشجو می‌پذیرد. در دوران دو ساله مقطع کارشناسی ارشد، در مجموع، حدود 32 واحد درسی ارائه می‌شود که شامل دروس تخصصی (12 واحد)، دروس اختیاری (14 واحد) و پایان‌نامه (6 واحد) است.
4- رشته کارشناسی ارشد علوم علف‌های هرز
رشته علوم علف‌های هرز در گروه کشاورزی و منابع طبیعی زیرمجموعه زراعت و اصلاح نباتات قرار گرفته است. این رشته با عنوان شناسایی و مبارزه با علف‌های هرز مشخص می‌گردد و رشته‌ای است که دانشجویان آن اصول شناسایی، بیولوژی و اکولوژی علف‌های هرز وهمچنین روش‌های مبارزه و اساس به کارگیری آنها را فرا خواهند گرفت .هدف از این رشته تأمین نیروی متخصص مراکز تحقیقاتی، دانشگاه‌ها و غیرو، کاهش هزینه‌های تولید و حفظ محیط زیست است. رشته علوم علف‌های هرز، در حال حاضر، در مقطع کارشناسی ارشد در دانشگاه گنبد کاووس، دانشجو می‌پذیرد. در دوران دو ساله مقطع کارشناسی ارشد، در مجموع، حدود 32 واحد درسی ارائه می‌شود که شامل دروس تخصصی (12 واحد)، دروس اختیاری (14 واحد) و پایان‌نامه (6 واحد) است.
5- رشته کاردانی و کارشناسی ناپیوسته تولیدات گیاهی
رشته مهندسی تولیدات گیاهی کاشت، داشت و برداشت گیاهان زراعتی، باغی و به طور کلی گیاهانی که از هر نظری برای انسان مفید هستند را مورد مطالعه و بررسی قرار می دهد. در بسیاری از منابع رشته مهندسی تولیدات گیاهی را یک علم تعریف می‌کنند که به شناخت بررسی و خاصیت‌های گیاهان شناخته شده و ناشناخته می‌پردازد. مهم‌ترین هدف این رشته را باید انتخاب نوع گیاه مناسب برای پاسخ‌گویی به یک نیاز و هم چنین برداشت صحیح از آن را ذکر کنیم که این موارد خود به طور مهندسی شده حاصل می‌شوند. رشته مهندسی تولیدات گیاهی، در حال حاضر، در مقطع کاردانی و کارشناسی ناپیوسته در دانشگاه گنبد کاووس، دانشجو می‌پذیرد.
5- رشته دکتری آگروتکنولوژی
الف- دکتری فیزیولوژی
ب-دکتری اکولوژی
یکی از رشته‌هایی که فارغ التحصیلان علوم کشاورزی برای ادامه تحصیل می‌توانند انتخاب کنند، رشته اگروتکنولوژی است. رشته اگروتکنولوژی ترکیبی از تکنولوژی و کشاورزی و زراعت است و مناسب کسانی است که هم به مهارت‌های کشاورزی آشنایی کامل دارند و هم به تکنولوژی علاقه‌مند هستند و از تکنولوژی سر در می‌آورند. رشته اگروتکنولوژی یکی از رشته‌هایی است که مناسب افراد کنجکاو و به‌روز در زمینه فناوری‌ها است تا بتوانند با اتکاء به فناوری‌ها و تکنولوژی‌های نوین برای بهبود عملکرد زراعت گام بردارند. دانش اگروتکنولوژی به بررسی روابط میان تکنولوژی و کشاورزی پرداخته است. اگروتکنولوژی یا فناوری‌های زراعی در حقیقت کاربرد علوم زراعی در قالبی فناوری محور و با نگرشی نو به دستاوردهای سریع علم و فناوری است. هدف از این نوع فناوری نه تنها با نگاهی خلاقانه و متکی به نوآوری است بلکه حفاظت از منابع پایه و محیط زیست در جهت پایداری تولید و حفاظت از منابع طبیعی نیز است. در مقطع دکتری رشته اگروتکنولوژی تلاش می‌شود تا دانشجویان به فهم بالایی از زراعت در پیوند با تکنولوژی بپردازند و بتوانند به برنامه‌ریزی‌های نوآورانه و نوینی در زمینه کشاورزی دست یابند و ساختارهای قدیمی آن را دگرگون کنند. هدف از تمام این اقدامات دستیابی به محصولات مواد غذایی بیشتر و سالم تر است. رشته اگروتکنولوژی، در حال حاضر، در مقطع دکتری در دو گرایش اکولوژی گیاهان زراعی و فیزیولوژی گیاهان زراعی در دانشگاه گنبد کاووس، دانشجو می‌پذیرد.
