هیات‌های امنا بر اساس قانون پنجم توسعه کشور بالاترین مقام و رکن تصمیم گیری دانشگاه‌ها می‌باشند و نقش قانونگذار در سایر دستگاه‌های دولتی را برعهده دارند. دانشگاه‌ها بموجب قانون اخیر از شمول کلیه قوانین حاکم بر ادارات دولتی مستثنی هستند و تنها مرجع تصمیم گیری و نظارتی بر دانشگاه‌ها هیات‌های امنا می‌باشند و از این جهت اهمیت زیادی دارند بگونه‌ای که مصوبات آنها حتی تحت نظارت شورای نگهبان قرار نمی‌گیرد در حالی که مصوبات مجلس شورای اسلامی تا زمانی که به تایید شورای نگهبان نرسد اعتباری ندارد. دلیل این امر آن است که قانون گذار فرض کرده است اعضای هیات امنا که عموما عضو هیات علمی دانشگاه‌ها می‌باشند انسان‌هایی متخصص و فرهیخته بوده که می‌توانند بدون دخالت نهادهای دیگر در مورد مسایل خود تصمیم بگیرند. ترکیب هیات امنا را وزیر، ریس موسسه، ۴ تا ۶ تن از شخصیت‌های علمی و فرهنگی و یا اجتماعی محلی و کشوری که نقش موثری در توسعه و پیشرفت موسسه مربوط داشته باشند و نماینده وزیر برنامه و بودجه تشکیل می‌دهند. حداقل دو تن از شخصیت‌های علمی باید از اعضای هیات علمی دانشگاه‌ها باشند. ریاست هیات امناء موسسه به عهده وزیر علوم، تحقیقات و فناوری خواهد بود. دبیر هیات امناء رئیس موسسه مربوط خواهد بود. از وظایف و اختیارات هیات امناء می‌توان به تصویب آیین نامه داخلی، تصویب سازمان اداری موسسه بر اساس ضوابطی که به پیشنهاد وزارتخانه‌های مربوط با هماهنگی سازمان امور اداری واستخدامی به تصویب شورای عالی ابقلاب فرهنگی خواهد رسید، بررسی وتصویب بودجه موسسه که از طرف ریئس موسسه پیشنهاد می‌شود. تصویب بودجه تفصیلی موسسه، تصویب حساب‌ها و ترازنامه سالانه موسسه، تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن، تعیین حسابرس وخزانه داربرای موسسه، کوشش برای جلب کمکهای بخش خصوصی و عواید محلی اعم ازنقدی تجهیزاتی، ساختمانی، با رعایت ضوابت مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی، تصویب آیین نامه‌های مالی و معاملاتی که بر حسب مورد پس از تایید وزارتخانه علوم، تحقیقات و فناوری قابل اجرا می‌باشد. تعیین نحوه اداره واحدهای تولیدی، خدماتی، کارگاهی و بهداشت و درمانی موسسه در چهارچوب ضوابطی که به تصویب هیات وزیران خواهد رسید. تعیین میزان پرداخت حق التحقیق، حق التدریس، حق الترجمه، حق‌التالیف و نظایر آن. بررسی گزارش موسسه که از طرف رییس موسسه ارائه می‌شود. تصویب مقررات استخدامی اعضای هیات علمی موسسه که به منظور هماهنگی پس از تائید وزارتخانه مزبور قابل اجرا خواهد بود را می‌توان ذکر کرد.
جلسات عادی هیات امنا حداقل ۲ بار در سال و جلسات فوق العاده در موارد ضروری، بنا به تقاضای حداقل دو تن از اعضا و موافقت رئیس هیات امنا تشکیل می‌شود.
صورتجلسه توسط رئیس هیات امنا جهت اجرا ابلاغ می‌گردد و آئین نامه‌ها و مقررات مفاد بند ب ماده ۲۰ قانون برنامه پنجم توسعه، پس از تایید وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای اجرا ابلاغ می‌گردد.
