مأموریت اصلی آزمایشگاه مرکزی دانشگاه گنبدکاووس فراهم آوردن شرایط دسترسی آسان به خدمات متنوع آزمایشگاهی برای متقاضیان در تمامی دانشگاه‌ها، مؤسسات پژوهشی و صنایع کشور است. توسعه فناوری‌های جدید و انجام پژوهش‌های کاربردی نیازمند دسترسی پژوهشگران به تجهیزات آزمایشگاهی پیشرفته و استاندارد است. در راستای پاسخ به این نیاز، هدف اصلی آزمایشگاه مرکزی دانشگاه گنبدکاووس، تسهیل دسترسی متقاضیان به خدمات آزمایشگاهی پیشرفته و استفاده از ظرفیت مشاوره متخصصین برای توسعۀ دانش و فناوری است. این مأموریت از طریق اشتراک‌گذاری زیرساخت‌های آزمایشگاهی شامل تجهیزات آزمایشگاهی و دانش فنی انجام می‌شود.
این آزمایشگاه از طریق فراهم‌سازی پیش‌نیازهای استانداردها در انجام آزمون و استانداردسازی فرایندها تا حد قابل‌توجهی به صرفه‌جویی در هزینه خدمات آزمایشگاهی و بهبود کیفیت پایان‌نامه‌های دانشجویان کمک می‌کند. همچنین با ایجاد ارتباط بین آزمایشگاه‌های داخل و خارج دانشگاه و اتصال به شبکه‌های آزمایشگاه‌های تخصصی سراسری از جمله آزمایشگاه‌های زنجیره‌ای، زمینه ارائه خدمات تخصصی در حوزه‌های پژوهشی و صنعتی فراهم شده است.
