مدیریت برنامه، بودجه، تحول اداری و بهره وری یکی از مدیریت های ستادی دانشگاه می باشد که عهده دار برنامه ریزی، تأمین، نگهداری و بهبود منابع مورد نیاز اعم از منابع انسانی، مالی، فیزیکی و اطلاعاتی جهت توسعه کمی و کیفی خدمات و ارتقای مدیریت در حوزه های مختلف دانشگاه می باشد. در همین راستا تدوین و تصویب آیین نامه های اداری، استخدامی و تشکیلاتی ویژه جهت اعمال وظایف، اختیارات و تنظیم راهکارهای اجرایی بخش اداری، تشکیلات و امور نیروی انسانی کارکنان توسط این حوزه صورت می گیرد. مدیریت برنامه، بودجه، تحول اداری و بهره وری دانشگاه گنبدکاووس با هدف ساماندهی به وضعیت بودجه ریزی، جمع آوری و طبقه بندی آمار و اطلاعات حوزه های مختلف دانشگاه، ایجاد تحول در سیستم اداری، و همچنین بهبود شرایط سازمانی تأسیس شد. این مدیریت عهده دار مسئولیت مطالعه، طراحی، اجرا، مشاوره و استقرار سیستم های مربوط به برنامه و بودجه، آمار و اطلاعات، تشکیلات، توانمند سازی سرمایه های انسانی و تحول اداری در دانشگاه گنبدکاووس است.
