مدیریت برنامه، بودجه، تحول اداری و بهره وری یکی از مدیریتهای ستادی دانشگاه میباشد که عهدهدار برنامهریزی، تأمین، نگهداری و بهبود منابع مورد نیاز اعم از منابع انسانی، مالی، فیزیکی و اطلاعاتی جهت توسعه کمی و کیفی خدمات و ارتقای مدیریت در حوزههای مختلف دانشگاه میباشد. در همین راستا تدوین و تصویب آیین نامههای اداری، استخدامی و تشکیلاتی ویژه جهت اعمال وظایف، اختیارات و تنظیم راهکارهای اجرایی بخش اداری، تشکیلات و امور نیروی انسانی کارکنان توسط این حوزه صورت میگیرد. مدیریت برنامه، بودجه، تحول اداری و بهرهوری دانشگاه گنبدکاووس با هدف ساماندهی به وضعیت بودجهریزی، جمعآوری و طبقهبندی آمار و اطلاعات حوزههای مختلف دانشگاه، ایجاد تحول در سیستم اداری، و همچنین بهبود شرایط سازمانی تأسیس شد. این مدیریت عهدهدار مسئولیت مطالعه، طراحی، اجرا، مشاوره و استقرار سیستمهای مربوط به برنامه و بودجه، آمار و اطلاعات، تشکیلات، توانمندسازی سرمایههای انسانی و تحول اداری در دانشگاه گنبدکاووس است.
